EndNote – Fusionner des librairies en conservant les dossiers de classement

Contexte

Vous disposez de 3 librairies contenant des références classées dans des dossiers ordinaires (par ex. Chiroptera, Corvids, Parrots, Sonar) dans lesquels vous avez classé vos références à la main. Vos références ne possèdent pas de mots-clés personnalisés dans aucune librairie. Toutefois, pour certaines références, le champ Keywords contient déjà des mots-clés « officiels » que vous souhaitez conserver. Vous avez mis en place une structure de dossiers identiques dans les 3 librairies, par exemple comme ceci:

Vous souhaitez :

  • fusionner vos 3 librairies en une seule
  • conserver la structure de classement mise en place
  • conserver les PDF annexés aux références importées
  • classer automatiquement les références dans les bons dossiers suite à l’importation
  • ne pas écraser les mots-clés « officiels » contenus dans le champ Keywords par l’insertion de vos mots-clés personnels
  • gérer les éventuels doublons suite à l’importation

Sachant qu’une simple importation ne va pas faire l’affaire (EndNote balance toutes les références importées dans le dossier All References sans tenir compte du classement mis en place), il sera nécessaire de ruser.

RAPPEL : AVANT TOUTE MANIPULATION HASARDEUSE, FAITES TOUJOURS UNE COPIE DE VOTRE LIBRAIRIE AU PRÉALABLE (File > Save a Copy > Save as Package).

Solution

1. Dans la librairie principale : créer des SmartGroups

Tout d’abord, dans la librairie « principale » (celle dans laquelle vous voulez importer les autres librairies), créez des SmartGroup en plus de vos dossiers ordinaires de classement, pour cela :

  • Faites un clic droit sur un dossier ordinaire > commande Create SmartGroup
  • Donnez un nom à ce dossier (dans mon exemple Sonar)
  • Indiquez que le champ Custom1 contiendra le mot Sonar et validez; nous utilisons le champ Custom1 pour ne pas impacter l’éventuel contenu du champ Keywords

  • Créez les autres SmartGroups souhaités, avec cette fois-ci dans mon exemple les mots Chiroptera, Corvids et Parrots dans le champ Custom1, afin d’obtenir ceci :

C’est un peu laborieux à mettre en place, mais les SmartGroups et les mots-clés personnalisés vous seront utiles lors de l’importation des références et également à l’avenir pour la suite de votre travail dans votre base de données.

RAPPEL : AVANT TOUTE MANIPULATION HASARDEUSE, FAITES TOUJOURS UNE COPIE DE VOTRE LIBRAIRIE AU PRÉALABLE (File > Save a Copy > Save as Package).

2. Dans les librairies secondaires : insérer un mot-clé dans le champ Custom1; ce mot-clé permettra le classement automatique des références dans les SmartGroups lors de l’importation.

  • Ouvrez la librairie No2, laquelle contient également des références classées dans des dossiers ordinaires
  • Ajoutez tout d’abord le champ Custom1 en en-tête de colonne (EndNote > Preferences > Display Fields); le champ Custom1 est donc vide pour l’instant
  • Dans la librairie No2, cliquez sur un dossier ordinaire (par ex. le dossier Corvids) et sélectionnez toutes les références s’y trouvant
  • Allez dans le menu Tools > commande Change/Move/Copy Fields
  • Dans la fenêtre, choisissez le champ Custom1 dans la liste
  • Tapez le mot-clé Corvids
  • Décochez l’option Include a space before the new text

  • Après validation, toutes les références sélectionnées possèdent le mot-clé Corvids dans le champ Custom1
  • Procédez de la même manière pour appliquer les autres mots-clés (Chiroptera, Parrots, Sonar) aux autres références classées dans des dossiers ordinaires; attention à toujours bien vérifier le contenu du message ci-dessous avant de valider le changement

3. Dans la librairie principale : importer les références des librairies secondaires

Une fois les mots-clés appliqués à toutes les références de la librairie No2, vous êtes prêt à importer les références dans la librairie principale:

  • Ouvrez la librairie principale
  • Fermez la librairie No2
  • Ouvrez le menu File > Import et choisissez les options suivantes pour l’importation de la librairie No2

Suite à l’importation, le résultat doit être le suivant; les références importées ont été classées automatiquement dans les bons SmartGroups:

  • Procédez de la même manière pour ajouter les mot-clés puis importer les références de la librairie No3 (répétez donc les points 2 et 3 ci-dessus)

Une fois les références importées, il ne vous reste plus qu’à rechercher les doublons, pour cela :

  • Faites d’abord une copie de secours de votre librairie principale (File > Save a Copy > Save as Package)
  • Cliquez sur le dossier All References
  • Ouvrez le menu References > Find Duplicates
  • Dans cette boîte de dialogue, conservez la références contenant le mot-clés (bouton Keep this record) que vous avez ajouté; remarquez que selon le type de références (Book, Book Section, Journal Article,…) les mots-clés ne figurent pas dans le même champ. Pour les Books le mot-clé se trouve dans le champ Commentaire et pour les Journal Article le mot-clé se trouve dans le champ LegalNote.
  • Profitez d’afficher également la colonne Custom1 dans la librairie principale

Recréer une librairie en ligne ou comment remettre d’équerre la synchronisation MyEndNoteWeb

Contexte

Vous possédez une librairie EndNote en local que vous avez synchronisée avec votre compte MyEndNoteWeb. Or, vous constatez depuis un certain temps que la synchronisation ne s’effectue plus correctement (vous avez vérifié que votre login était correct, le problème n’est pas là). En effet, la librairie sur votre compte MyEndNoteWeb ne correspond plus à celle en local. Vous souhaitez pouvoir remettre tout cela d’équerre mais malgré des tentatives de re-synchronisation, ça ne marche toujours pas.

Dans la procédure ci-dessous, j’ai considéré que la « bonne » librairie était celle en local et non pas celle sur le Web.

Solution : secouer le cocotier MyEndNoteWeb une bonne fois pour toute

Dans EndNote Desktop

  • Si nécessaire, faites de l’ordre dans vos dossiers de classement
  • Faites un backup de votre librairie (File > Save a copy > save As Package)
  • Videz le dossier Trash; les dossiers de votre librairie doivent ressembler à cela :
  • Dans les Préférences EndNote, désactivez la synchronisation automatique (décochez l’option Sync automatically dans la catégorie Sync)
  • Quittez le logiciel EndNote Desktop

Dans MyEndNoteWeb

  • Connectez-vous à votre compte MyEndNoteWeb
  • Supprimez toutes les références sur MyEndNoteWeb; je rappelle que je suis partie de l’idée que la « bonne » librairie était celle se trouvant en local
  • Supprimez tous les groupes à l’exception des groupes partagés (onglet Organize > Manage my groups)
  • Videz le dossier Trash ; vos dossiers doivent ressembler à cela :
  • Vous pouvez laisser MyEndNoteWeb ouvert

Dans EndNote Desktop

  • Ouvrez EndNote Desktop et allez dans les Préférences
  • Dans la catégorie Sync, ajoutez cette information à la fin de votre adresse e-mail dans la zone EndNote Account Credentials (attention, cette donnée est sensible à la casse) :

#!resetLocalSync

  • Le résultat doit ressembler à ceci :
  • Cliquez sur Save et fermez la boîte de dialogue
  • Cliquez sur le bouton Sync dans la barre d’outils d’EndNote ; vous obtenez alors le message d’alerte ci-dessous; ce message apparaît car nous avons leurré EndNote en indiquant un autre compte d’utilisateur:
  • Validez le message d’alerte en cliquant sur OK afin de supprimer toute mémorisation d’une synchronisation précédente
  • Retournez dans les Préférences d’EndNote et saisissez maintenant la bonne adresse e-mail (autrement dit, enlevez le #!resetLocalSync )
  • Cliquez sur Save
  • Cliquez sur le bouton Sync dans la barre d’outils d’EndNote ; vous obtenez le même message d’alerte que ci-dessus ; validez en cliquant sur OK
  • Répondez NO à la proposition de faire un backup (vous avez déjà fait un backup au tout début de la procédure)
  • La synchronisation s’effectue; ne faites rien jusqu’à la fin de la synchro
  • A la fin de la synchro, les dossiers Partagés vont apparaître à double dans le volet des dossiers; supprimez celui qui possède une icône de dossier classique « deux pages violette et bleue »
  • Recliquez sur le bouton Sync
  • Retournez sur MyEndNoteWeb et rafraichissez la page Web (ou reconnectez-vous si vous aviez quitté la page Web); votre librairie MyEndNoteWeb doit maintenant correspondre à celle en local

EndNote – Changer de type de références en masse

Contexte

Votre librairie contient un nombre important de références de type par ex. « Dictionary ».
Or, vous souhaiteriez qu’elles soient de type « Encyclopedia ». Vous aimeriez donc remplacer « Dictionary » par « Encyclopedia » pour toutes les références où cela est pertinent.

Solution

  • Trier vos références par type et, à l’aide de la touche MAJ, sélectionnez les références de type Dictionary (dans mon exemple)
  • Si souhaité, utilisez la touche CMD pour désélectionner les références qui ne seraient pas concernées par le changement de type
  • Isolez les références sélectionnées à l’aide du menu References > Show Selected References
  • Ouvrez le menu Edit > Find and Replace
  • Tout en bas de la liste « In », choisissez « Reference Type » et apportez les modifications suivantes:

  • Validez puis confirmez le changement
  • Affichez ensuite toutes les références (menu References > Show All References)

EndNote – Résoudre le problème d’ouverture des fichiers savedrecs.ciw (Web of Science)

Contexte

Vous avez téléchargé des références depuis Web of Science portant l’extension .ciw. Toutefois, vous constatez que 1° EndNote ne parvient pas à les ouvrir ou 2° il rechigne et finalement y parvient mais après avoir dû répondre à moultes boîtes de dialogue (vous avez bien confirmé que ces fichiers .ciw devaient être ouverts à l’avenir avec EndNote mais vous obtenez encore ces satanées boîtes de dialogue de confirmation).

Solution

  • Fermez votre librairie EndNote
  • Si ça n’est pas déjà fait, téléchargez un fichier .ciw depuis Web of Science et déposez-le sur votre Bureau
  • Sélectionnez le fichier et appuyez sur Cmd + i afin d’obtenir les informations sur le fichier
  • Dans la zone Ouvrir avec, choisissez EndNote comme application, cliquez sur le bouton Tout modifier et confirmez
  • Ouvrez ensuite votre librairie EndNote
  • Double-cliquez sur le fichier .ciw se trouvant sur votre Bureau ; il doit maintenant apparaître dans le dossier Imported References d’EndNote
  • Laissez votre librairie ouverte et refaites d’autres recherches et téléchargements depuis WoS
  • A partir de maintenant, si vous cliquez sur les fichiers téléchargés, ils s’ajouteront au dossier Imported References ; cela fonctionnera aussi si vous avez coché et téléchargé plusieurs références en une seule opération (dans le même fichier .ciw)

EndNote – Résoudre le problème d’espaces indésirables entre les champs

Contexte

Vous utilisez un style personnalisé (basé par exemple sur Annotated). Vous constatez, dans les références de type « Book », que si le champ Edition est vide, un double espace apparaît avant le lieu de publication. Ce problème d’espaces indésirables se produit également pour d’autres champs si ceux-ci ne contiennent pas de valeurs.

Solution : éditer le style personnalisé et y apporter quelques corrections, à savoir remplacer les espaces ordinaires par des espaces conditionnels. En effet, si une valeur n’est pas renseignée, l’espace qui accompagne cette valeur doit se supprimer de lui-même.

  • Edit > Output Style > Edit votre style perso…
  • Cliquez sur la catégorie Bibliography > Templates
  • Cliquez sur le style Book et remplacez après les bâtons* l’espace ordinaire par un espace conditionnel (appelé Link Adjacent) en forme de losange ?

*Petit détour sur les bâtons|

Les bâtons | représentent une séparation forcée permettant de séparer les champs si ceux-ci sont vides et de gérer de ce fait la ponctuation entre deux champs. Grâce ou à cause du principe de « la prépondérance du champ précédent », lorsqu’une ponctuation est située entre deux champs, elle est dépendante du champ précédent. Il est donc nécessaire de placer des séparations forcées | pour s’assurer qu’une virgule ou une parenthèse n’apparaît pas lorsqu’un champ est vide.

Exemples pour y voir plus clair :

EndNote – Régler l’apparence des prénoms d’auteurs

Contexte

Vous utilisez le style APA6th et vous constatez qu’à l’insertion de plusieurs références du même auteur (appelons-le Eugene Subbotsky) dans votre document Word, le prénom de celui-ci apparaît dans chacune des références citées (et vous ne le souhaitez pas).

Vous constatez que le prénom Eugene n’apparaît pas si M. Subbotsky est seul auteur d’un titre. En effet, dès l’insertion d’une référence avec Eugene Subbotsky et un deuxième auteur, le prénom Eugene apparaît dans toutes les références.

Solution

  • Modifiez le style APA6th, dans EndNote > Menu Edit > Output Style > Edit APA6th
  • Dans Author Name, décochez l’option ci-dessous :

  • Fermez le style et sauvegardez-le sous un autre nom (EndNote fait automatiquement une copie du style dès qu’on apporte une modification)
  • Appliquez ensuite ce nouveau style dans Word

EndNote – Utiliser les Accession Numbers

Contexte

Vous disposez d’une liste d’Accession Number (par ex. dans un fichier TXT) et souhaitez les utiliser pour rechercher et télécharger des références depuis une base de données sur le Web.

Solution (avec PubMed en exemple)

  • Sélectionnez et copiez les Accession Numbers
  • Allez sur le site de la base de données par ex. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
  • Copiez-collez les Accession Numbers dans la zone Search et validez
  • Sélectionnez éventuellement les références trouvées (si vous ne sélectionnez rien, toutes les références trouvées seront téléchargées)
  • Cliquez sur le bouton Send to > File
  • Choisissez le format Medline et cliquez sur le bouton Create File
  • Allez dans EndNote et ouvrez le File > Import
  • Choisissez les options d’importation ci-dessous :

EndNote – Créer une bibliographie thématique

Contexte

Vous souhaitez obtenir dans EndNote une bibliographie thématique basée par ex. sur des mots-clés présents dans vos références (ou sur des noms d’auteurs ou sur des dates). Vous prévoyez d’imprimer cette bibliographie et également d’en faire un document (PDF ou Word).

Solution

  • Dans EndNote, sélectionnez les références à inclure dans la bibliographie thématique
  • Allez dans le menu References > Show Selected References
  • Allez dans le menu Tools > Subject Bibliography
  • Cliquez sur le champ souhaité (par ex. Keywords); c’est donc ce champ-là qui déterminera le regroupement des références :

  • Après validation, une 2ème boîte de dialogue affiche la liste des termes saisis dans le champ Keywords (pour les références sélectionnées préalablement) :

  • Choisissez à l’aide de la touche Cmd les termes souhaités et validez
  • Après validation, EndNote affiche la bibliographie thématique :

  • Utilisez ensuite les options présentes dans cette fenêtre :
    • Output Style permet d’appliquer un autre style
    • Le bouton Layout permet de personnaliser les formats des éléments de la bibliographie ainsi que la manière dont les termes choisis sont triés
    • Le bouton Terms permet d’ajouter ou de supprimer des termes choisis au préalable
    • Les boutons Print Preview et Print permettent d’imprimer la bibliographie thématique (ou d’en faire un PDF)
    • Le bouton Save As permet d’enregistrer la bibliographie thématique au format RTF, HTML ou Text Document UTF-8

EndNote – Modifier la librairie à synchroniser

Contexte

Vous avez activé la synchronisation d’une librairie se trouvant sur votre ordi avec votre compte MyEndNoteWeb. Vous souhaitez changer la librairie à synchroniser car vous disposez d’une nouvelle librairie.

Après cette procédure, la nouvelle librairie sera synchronisée avec le compte EndNoteWeb. Toutefois, comme il est possible de ne synchroniser qu’une seule librairie, « l’ancienne » et la « nouvelle » seront fusionnées.

Solution

  • Ouvrez la nouvelle librairie à synchroniser dans EndNote
  • Allez dans le menu EndNote > Preferences > catégorie Sync; vous constatez que la librairie qui va être synchronisée est encore « l’ancienne »
  • Sortez des Préférences d’EndNote (il s’agissait juste d’une vérification)
  • Cliquez sur le bouton Sync Library pour lancer la nouvelle synchronisation
  • Répondez YES au message qui apparaît :

  • Par sécurité, acceptez ensuite la création d’une copie compressée de votre librairie
  • Connectez-vous à votre compte MyEndNoteWeb, vous constatez que les deux librairies ont été fusionnées
  • Procédez ensuite une recherche de doublons dans EndNote (References > Find Duplicates) ou dans MyEndNoteWeb (Organize > Find Duplicates)

EndNote – Exporter une librairie EndNote dans Mendeley

Contexte

Vous êtes un utilisateur d’EndNote et un nombre important de vos références possède des annexes. Vous aimeriez exporter votre librairie dans Mendeley en récupérant bien entendu les annexes (par ex. parce que vous quittez l’Unil ou ne voulez tout simplement plus utiliser EndNote).

Solution

  • Ouvrez EndNote et ouvrez la librairie à exporter
  • Allez ensuite dans le menu File > Export
  • Choisissez le type de fichier XML et Show All Fields dans la liste Output Style
  • Décochez l’option Export Selected References et validez
  • Ouvrez Mendeley et créez éventuellement un nouveau dossier
  • Allez dans le menu File > Import > EndNote XML
  • Choisissez le fichier XML et validez

Remarquez que la structure des dossiers créée dans EndNote n’est malheureusement pas reprise dans Mendeley.